寶藏寺與觀音信仰有深厚淵源。依寺內碑文記載，康熙十一年（1672）原為奉祀觀世音菩薩的【觀音小寺】，是寶藏寺信仰發展的起點。

相傳早年有諸羅縣民來到芬園工作，隨身攜帶觀音菩薩符令，因屢有靈驗，地方居民遂興建小寺奉祀，香火逐漸興盛。

開基觀音菩薩自寶藏寺創建以來傳承至今，頭戴五佛冠，造型古樸而珍貴，是寺內重要的歷史神尊。

觀音菩薩以慈悲救苦、聞聲救難的精神廣受信眾敬仰，信眾常祈求平安、消災、解厄、身心安定。

分立觀音殿左右，護持佛法、守護道場。

民國八十年代古蹟修復與後續整建後，觀世音菩薩改奉於正殿；殿內另奉鎮殿觀音菩薩，兩側有善財、龍女隨侍。

玉皇大帝俗稱「天公」，為民間信仰中尊崇的天界神祇。信眾敬拜天公，祈願風調雨順、國泰民安、闔家平安、諸事順遂。

寶藏寺於民國52年（1963）由地方人士倡議增建後殿奉祀玉皇大帝，今日天公殿位於後殿二樓。

早年芬園「迎天公」是地方盛大的信仰活動，各角頭皆有自己的獅陣，輪值庄頭家家戶戶準備餐食，招待隨香信眾，呈現昔日地方聚落共同參與祭典的熱鬧景象。

文昌帝君掌文運、智慧與功名，自古為讀書士子所敬奉。今日舉凡升學考試、國家考試、專業證照及求取功名者，亦常虔心參拜，祈願智慧增長、思緒清明、應試順利、功名順遂。

關聖帝君以忠義精神著稱，民間尊崇其忠、義、信、勇，亦有護佑平安、事業順遂之信仰。

媽祖信仰與寶藏寺地方發展關係深厚。

相傳早年芬園發生瘟疫，鹿港天后宮媽祖遶境經過芬園並駐駕寶藏寺，護佑地方居民，因而受到地方信眾敬奉，逐漸形成寶藏寺重要的媽祖信仰。

寶藏寺開基媽祖俗稱「老大媽」，與鹿港天后宮媽祖信仰淵源深厚，是寺內重要的歷史神尊。

更具地方特色的是，寶藏寺長年為不同角頭奉祀各自的媽祖神尊，從大媽、二媽至六媽，神像尺寸與造型各異，其中不乏自清代、日治時期流傳至今的珍貴神尊，見證寶藏寺媽祖信仰與九大角頭長久以來的深厚關係。

為媽祖駕前護法，民間傳說千里眼能察遠方之事，順風耳能聞遠方之聲，協助媽祖察知民間疾苦、護佑眾生。

殿內亦奉祀具有悠久歷史的福德正神。福德正神即民間俗稱的「土地公」，守護土地與地方居民，信眾常祈求地方安泰、家庭平安、事業順利。

地藏王菩薩以慈悲大願著稱，具有救拔苦難、超薦先亡的信仰意涵。寶藏寺每年亦舉辦地藏王菩薩聖誕相關法會。

註生娘娘為民間重要的生育守護神，掌管生育、安產及幼兒護佑，信眾常前來祈願求子得嗣、孕期平安、順利生產及幼兒健康成長。

寶藏寺亦保留傳統的「求子換花」信仰習俗，寄託信眾祈求子嗣、家庭圓滿的心願。

太子元帥，又稱中壇元帥、太子爺，為民間信仰中重要的護法神將。寶藏寺太子元帥奉祀於香爐旁，鎮守香爐、護持廟境，信眾常祈求出入平安、消災護佑及諸事順遂。

奉祀於媽祖殿神桌下方，民間尊稱「下壇將軍」，具有鎮守廟堂、護境祈安之意。寶藏寺虎爺為黃虎，坐姿造型少見，神情靈動而古樸；因長年香火薰染，逐漸形成今日深沉的色澤，也留下歲月與香火傳承的痕跡。

斗母星君為道教重要的星辰神祇，尊為北斗眾星之母，與人的本命元辰、消災祈福及延生禮斗信仰密切相關。

信眾虔誠禮拜斗母星君，祈願消災解厄、元辰光彩、福壽增長、闔家平安。寶藏寺的禮斗科儀，亦以斗母星君及星斗信仰為重要核心。

值年太歲星君掌一歲吉凶禍福；太陽、太陰星君代表日月運行與陰陽調和；南斗星君有「南斗註生」之說，與福壽延生相關；北斗星君則與本命元辰、消災解厄的信仰密切相關。

每逢歲末年初，信眾依流年安奉太歲、虔誠禮拜，祈願元辰光彩、消災解厄、歲運平安順遂。

每逢新歲，民間有安太歲祈福的傳統，為當年度犯太歲者祈求消災解厄、流年順遂、身心安泰。寶藏寺設有太歲燈，信眾可依自身生肖與流年需要登記祈福，祈願新的一年平安吉祥、諸事順遂。

斗母星君為道教重要的星辰神祇，尊為北斗眾星之母，與人的本命元辰、消災祈福及延生禮斗信仰密切相關。

信眾虔誠禮拜斗母星君，祈願消災解厄、元辰光彩、福壽增長、闔家平安。寶藏寺的禮斗科儀，亦以斗母星君及星斗信仰為重要核心。

主祀｜斗母星君

寶藏寺延續傳統禮斗科儀，以斗母星君及星斗信仰為核心。禮斗具有祈安延生、消災植福的信仰意涵，信眾藉由禮斗表達敬天禮斗、祈求平安之心。

眾神殿提供信眾「寄神」服務，讓因家庭環境、搬遷或其他因素無法在家中妥善奉祀的神尊，得以安奉於寺內。

由寺方依規定妥善奉祀，使信眾有所依循，也讓神尊獲得適當安奉。

寶藏寺義民祠保存了芬園早期地方發展的一段重要歷史。

依《芬園寶藏寺志》記載，義民祠原位於寶藏寺虎邊護龍內，供奉因地方衝突而犧牲的義民牌位；民國73年（1984）遷移至寺外空地新建義民祠。

官方文化資料則記載，咸豐三年（1853）漳泉械鬥期間，地方義勇為保護鄉土而犧牲，寶藏寺因此奉祀相關勇士牌位；其後另建祠安奉。

義民祠因此不只是祭祀場所，也見證了早期芬園地方族群衝突、守護鄉土，以及後來逐漸融合共處的歷史。

萬善堂又名「百姓公」，位於寶藏寺義民祠虎邊。

依《芬園寶藏寺志》記載，百姓公祠自清朝時代便已建立，主要奉祀早年地方建設、開墾等過程中出土或無人奉祀的無名先民遺骨。

民國84年寶藏寺古蹟修復時，曾於百姓公廟後方掘出99座骨甕，經寺方重新修整後合祀於廟內。

每逢年節，附近信眾亦會前往祭拜，延續地方對無主先民的祭祀與追思。